Почему не объясняет? Нео - человек, который несет в себе код матрицы. Кто знает, насколько этот код сложен и технологичен и как использует человеческое тело? Плюс, учитывая, что Нео стал частично понимать Матрицу и менять ее под свои нужны.
Все же как-то норм переварили, что Смит "вселился" в Бейна в реальном мире, и ничо, все типа ок.