Я не был уверен, что правильно понял задумку автора. Мне эта мысль не особо логичной показалась.

Поясните последнюю шутку с "died" и "real life". Тут ломается 4-ая стена и подразумевается, что игрок несколько раз погибал в игре и загружал сохранение?

На англоязычной вики упоминаются два стойла с таким номером, но сомневаюсь, что на них ориентировался заказчик.
23 Manehattan 1000 Ponies [Deceased] Experimental 'Starmetal' Reactor. None. Fallout: Equestria - The Ranger of Seamane
23 Vanhoover Abandoned. Control Stable. Fallout Equestria: Survivor's Guilt

А во всем виновато отсутствие перил и пренебрежение правилами безопасности. Ну и если бы эксперимент начали бы на часик-другой раньше, то было бы как на картинке.

Это рейдеры из окрестностей Хуффингтона так поступали, но и многие относительно адекватные пони своих сородичей ели (из той же Арбы).

Блэкджек 99% своих решений под влиянием эмоций делает. Да и Глори с П-21 поддержали её тогда.
Меня вот удивило, что Флаттершай не вышибла себе мозги после того, как освободили её. Или местный мститель с пустошей не добрался до неё. Очень мало кто способен простить передачу противнику оружия, убившего миллионы.

Только вот Блэкджек ничего не знала о пустоши на тот момент. Союзников не было, помощи не от кого ждать.
И что бы было с жеребятами? Родители мертвы, сами они превратились в калек-монстров, совершали ужасные вещи в прошлом, а вместо мирного довоенного мира, с готовыми помочь пони, их ждёт жестокая пустошь. И нет никаких гарантий, что одно лишь стирание памяти сделало бы их адекватными. Да и всем в пустоши плевать на этих жеребят. Сейчас они бесполезны и нет гарантий, что они принесут хоть какую-то пользу в будущем. Альтруистов в районе Хуфа нету.

Скотч стирание памяти совсем не помогло и даже наоборот - только вред причинило. А протезы были редки и дороги в изготовлении (да и не знала Бже ничего о проекте Стальной Пони на тот момент, как и про стирание памяти). Да и крайне сложно пристроить в пустоши несколько десятков жеребят инвалидов со всевозможными психологическими и физическими травмами. Они просто не нужны там никому.

Он же мог и на поверхности появиться на свет у родителей не-пегасов. Генетика в Эквестрии творит чудеса.

У Блэкджек был выбор: отключить питание стазис капсул у 70 жеребят, которые там провели 200 лет, полностью сошли с ума и превратились в кровожадных маньяков-убийц, или же попытаться их вылечить и спасти.